Часто этот глюк возникает и отловить причину мне так и не удалось. При чем даже если установить на сервер демку от phpThumb, то по их же тестам прозрачность должна работать (Image Magic установлен). У меня получилось решить только добавлением вращения на один градус (ra=1): h=220&ra=1&f=png Хотя даже если поставить 30 градусов, вращение не работает, зато работает прозрачность.

<img src="/assets/cache_image/noimage_0x0_9c5.jpg" alt="">